不同论文查重系统的检测结果存在差异，主要原因可以归结为以下几点：

数据库资源差异：各个查重系统背后的数据库资源不同。拥有不同的文献数据库，收录的文献范围、数量及更新频率都有所不同。因此，同样的内容在不同的系统中可能会得到不同的查重结果。

算法和检测技术：每个查重系统使用的检测算法和匹配技术可能不同。这些算法决定了系统如何识别和比较文本，以及如何判定重复。算法的精细度和准确性直接影响了查重结果的可靠性。

检测范围和策略：不同的查重系统对检测范围的定义可能有所差异。有些系统只检测论文的正文部分，而有些则包括目录、摘要、参考文献等。此外，部分系统对于引用、脚注等可能有特殊的处理策略，这也会导致结果的不同。

更新频率：查重系统的数据库更新频率不同。如果两次查重间隔期间，系统更新了数据库，那么就可能导致第二次查重结果与第一次有较大差异。

用户使用习惯：用户在使用查重系统时的操作差异也会影响结果。例如有的用户可能在上传论文时遗漏了一些部分，或者在查重前对文档进行了不同的格式处理，这些都可能导致查重结果的差异。

系统版本差异：同一品牌的不同版本查重系统，其检测能力、数据库范围等也可能不同。如本科版、期刊版本、硕博版等，其检测严格度和数据库资源就有区别。

互联网资源的动态性：互联网上的资源持续变化，查重系统在比对时会参考这些资源。但不同系统抓取和更新互联网内容的能力不同，这也可能导致查重结果的差异。

不管使用哪种查重系统，都应重视查重结果中指出的重复内容，进行相应的修改和调整，以提高论文的原创性。